明代的中央机构

都指挥使司为明代地区军事总机构，长官有都指挥使1人（正二品）、都指挥同知2人（从二品）、都指挥佥事4人（正三品），其属有经历司经历（正六品）、都事（正七品）。断事司断事（正六品）、副断事（正七品）、吏目各1人。司狱司司狱（从九品），仓库、草场、大使、副使各一人。
行都指挥使司，设官与都指挥使司同。长官之中有一人统司事，称掌印，简称都司，位次在布、按两司之上。《明史·职官志五》说：“都司掌一方之军政，各率其卫所以隶于五府，而听于兵部。”
卫指挥使司设官与京卫同。外卫皆统于都司及行都司。卫以下为千户所，千户所又辖百户所。千户所有正千户1人（正五品），副千户2人（从五品），镇抚2人（从六品）。其属吏目1人。千户所辖百户所10个，共有百户10人（正六品），总旗20人，小旗100人。
刑狱则归镇抚掌管。凡卫所皆隶于都司，而都司又分隶于五军都督府。e799bee5baa6e997aee7ad94e58685e5aeb9332自卫所以下，其官兵多世袭，这是明代特殊制度之一。
都督府的都督名称后来变为空头的官阶，而统兵之官则须别加总兵、副总兵、参将、游击将军、守备、把总等名目。《明史·职官志五》：“总镇一方者为镇守，独镇一路者为分守，各守一城一堡者为守备，与主将同守一城者为协守。又有提督、提调、巡视、备御、领班、备倭等名。
凡总兵、副总兵一职均须有公、侯、伯、都督爵衔者充任。其总兵挂印称将军者，云南曰征南将军，大同曰征西将军，湖广曰平蛮将军，两广曰征蛮将军……其在蓟镇、贵州、湖广、四川及儹运淮安者，不得称将军挂印。宣德间，又设山西、陕西二总兵。嘉靖间，分设广东、广西、贵州、湖广二总兵为四，改设福建、保定副总兵为总兵，又添设浙江总兵。万历间，又在临洮、山海增设总兵。至明代末年，总兵官增置繁多，不可胜记。总兵在明代本为无品级之差委，至清代则为正二品的正规武职。
此外，还有军民府、土州、土县，其官员设置，与府、州、县制相同。
掌管天津卫的最高官员就是天津卫指挥使，一位正三品的军事长官。何教授说，明朝中央机构在初期设有三公(太师、太傅、太保)、三孤(少师、少傅、少保)。但这些基本上属于荣誉称号而非实授。处理具体政务的是中央设立的中书省，左右丞相总理吏、户、礼、兵、刑、工六部事务。到1380年，朱元璋废除中书省及丞相制，分中书省及丞相权力归属六部，由六部尚书(相当于各部的部长)直接对皇帝负责分理国家诸事。此外还设有具备司法功能的大理寺、相当于现在纪检部门的都察院等一些职能部门。

主要机构:朱元璋废宰相一职，仿宋殿阁制设内阁。明朝在中央设置六部、五寺、特务机构内行厂、三公、诸司、外三监、内十二监 。

六部:明朝在中央设置吏、户、礼、工、刑、兵六部，与前代相比，明朝最初在每部增加尚书侍郎各一。胡惟庸案之后，朱元璋废丞相之职，取消中书省。六部因此地位得到了提高。每部只设一个尚书，两个侍郎，原有的各科尚书降为郎中。各部尚书和侍郎的官阶也上升。其中以吏部（主管文官升迁）最为重要，户部人员最多。礼部（主管祭祀大典）与工部（主管公共建设）地位较低。

监察机构:在洪武十三年前，明朝还沿袭元的监察制度，设立e68a84e799bee5baa6e997aee7ad94363御史台，有左右御史大夫各一名。洪武十三年后，朱元璋废御史台。两年之后，朱元璋设立新的监察机构—都察院。都察院下面设立监察御史若干人，分巡全国各省，称为十二道监察御史。每道有监察御史三至五人，范围大体为一省。但监察御史都驻在京师，有事带印出巡，事毕回京缴印。到明末，监察御史分为十三道，共有一百一十人。

六科:明朝开始只设了给事中。到洪武二十四年，设都给事中六人，分吏、户、礼、工、刑、兵六科，每科一人。该制度基本是继承了唐朝的门下省制度。六科官职品级虽低，然职权很高。他们可以不赞成皇帝的意旨。而该制度也发挥了一定的改善朝政作用。

五寺:五寺包括大理寺、太常寺、光禄寺、太仆寺、鸿胪寺。大理寺与刑部和都察院合为三法司，其职权与今日之最高法院相似。大理寺的首长称为大理寺卿，也是九卿之一。其余四个寺的卿职权较低。太常寺负责祭祀；太仆寺管理马匹；光禄寺负责寿宴；鸿胪寺负责接待外宾。

内阁:在废除丞相制度后，朱元璋亲理政务，一度深感疲惫，于是设立四辅制度来辅佐政事。但这项制度效能不彰。洪武十七年后被废。之后朱元璋请来几位翰林学士帮忙辅佐，这些翰林学士的官职被命为“XX大学士”。这也就是所谓的内阁机构。

特务机构:参见：锦衣卫、东厂和西厂

明朝实行严密的特务政治。主要的特务机构包括锦衣卫、东厂和西厂，武宗时期还一度设有内行厂。 锦衣卫设立于洪武十五年，直接听命于皇上，可以逮捕任何人，并进行不公开的审讯。在东厂设立后，锦衣卫权力受到削弱。东厂成立于永乐十八年，是明成祖为了镇压政治上的反对力量而成立。地点位于京师东安门北。东厂的主要职责就是监视政府官员、社会名流、学者等各种政治力量，并有权将监视结果直接向皇帝汇报。依据监视得到的情报，对于那些地位较低的政治反对派，东厂可以直接逮捕、审讯；而对于担任政府高级官员或者有皇室贵族身份的反对派，东厂在得到皇帝的授权后也能够对其执行逮捕、审讯。

东厂在设立之初，就由宦官担任提督，后来通常以司礼监秉笔太监中位居第二、第三者担任。西厂设立于宪宗时期，首领为汪直。1482年后被废。其后又被武宗短暂恢复。 内厂设置于武宗时期，首领为宦官刘谨，刘谨伏诛后，内厂与西厂同时被废，仅留东厂。

三公:包括太师、太傅、太保。这些官职都是虚弦。他们名为辅导太子，但实际上辅导太子的机构是詹事府。詹事府下设两坊、一局、一厅。此外还有太医院。太医院附属有生药库和惠民药局。而翰林院远较太医院重要。翰林院首长则是翰林学士。

诸司:指不属于各部院的司。主要指通政司和行人司。通政司负责传递公文，公告周知。行人司负责到地方上颁诏谕及赴外国作使臣。

外三监:包括国子监、钦天监、上林苑监。钦天监负责观测星象。国子监是教育机构，有祭酒一人，司业一人，监丞一人，博士五人，助教十五人，学正十人，学录七人，典簿一人，典籍一人，典馔两人。上林苑监负责掌管皇帝的御花园，畜牧场与菜圃。

内十二监:为宦官衙门。事实上只有在这些衙门工作的宦官才是太监。包括司礼监、内宫监、御用监、司设监、御马监、神宫监、尚膳监、尚宝监、印绶监、直殿监、尚衣监、都知监。以司礼监最为重要，监内的提督太监主管宫内一切宦官礼仪刑名。而秉笔太监在宦官极端专权时竟代替皇帝批公文。此外还设有四个司（惜薪、钟鼓、宝钞、混堂），八个局（兵仗、银作、浣衣、巾帽、针工、内织染、酒醋面，司苑），合为内官廿四衙门。宫女也有六个局（尚宫、尚仪、尚食、尚寝、尚功等），每个局下设四个司。